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生信黑板报之bioconda

生信黑板报之bioconda

bioconda简介

bioconda是conda上一个分发生物信息软件的频道,使用它的最大好处是,你不用自己编译软件了。

目前bioconda有超过130个添加、更新和维护生物信息软件的贡献者,他们为这个频道发布了1500多个软件包。总结起来,bioconda有以下几个特点:

  • 软件是编译好的,无需自己编译

  • 跨平台,支持Linux和Mac OS(本身conda还支持Windows)

  • 支持多种语言,Python/Perl/R/Java/Go等

  • 兼容多种语言的包管理器,如pip,CRAN,CPAN,Bioconductor,apt-get以及 homebrew

其实针对Python来说,使用conda相比pip的很大优势,就是不用自己编译。安装软件最头疼的问题,就是解决编译报错,很多时候忙活一天就为了把一个软件装好。

conda有两个版本,conda和miniconda,它们的区别是集成的软件包的数量不同:

conda集成更多常用软件包,比如numpy,pandas。而miniconda是一个瘦身版,只是集成基本功能的软件包,其余可以按需安装。

conda安装使用

conda安装很简单,到下载页面选择版本下载:

bash Anaconda3-4.2.0-MacOSX-x86_64.sh  #根据版本不同,这里会有区别,3-4.2对应Python3,2-4.2对应Python2.7

conda search <package name> #查询某个软件,如果本机已经安装,会在对应版本前以“*”标示

conda install <package name> #安装软件conda install numpy=1.9.0 #指定安装特定版本

bioconda文档提到,使用之前需要先配置频道(channel),我安装的是conda,没有配置过,bioconda已经存在:

% conda config --get channels

--add channels 'defaults'
--add channels 'r'
--add channels 'bioconda'
--add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/'

conda还有一个很赞的特性:工作环境(environment),比如我现在使用的是Python2.7,但是个别时候还需要用Python3,就可以新建一个环境:

% conda create -n py35 python=3.5 anaconda #指定使用Python3.5
% source activate py35 #切换为Python3.5
% source deactivate py35 #切换到默认版本

conda配置

conda使用的默认软件源,在目前的网络环境下很慢,尤其是安装numpy这样要下载几十M数据的情况下。是的,你可能猜到我要说什么了,换国内的镜像。在家目录下,新建一个名为“.condarc”的文件,内容参考如下:

channels:  
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/  
  - bioconda  
  - r  
  - defaults

确保镜像的网址在前面,因为conda读取频道列表时是从上到下进行的。

本文同步发布于知乎和公众号JackTalk

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编辑于 2016-12-25

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