R Markdown 简介

交互式文档是一种创建Shiny apps的新途径。交互式文档是一种包含Shiny控件与输出的 R Markdown文件， 你可以再 markdown中写报告，并且作为app来启动它。

本文主要阐述如何使用R Markdown写报告。

与本文配套的文献 Introduction to interactive documents, 将像你展示如何通过将R Markdown 报告转变成为带有Shiny组件的交互式文档。

R Markdown

R Markdown是通过R语言制作动态文档的文件格式。R Markdown文档再markdown中完成，其中包含嵌入的R代码，如下图：

---
title: R Markdown
output: html_document
---

This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax which allows you to author HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on how to use R Markdown, see <http://rmarkdown.rstudio.com>.

When you click the **Knit** button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:

```{r}
summary(cars)
```

You can also embed plots:

```{r, echo=FALSE}
plot(cars)
```

Note that the `echo = FALSE` parameter was added to the code chunk to prevent printing of the R code that generated the plot.

R Markdown文档编辑需要 rmarkdown包，rmarkdown安装需要RStudio编辑器环境，但是你可以以

途径来下载rmarkdown，并安装。

devtools:install_github("rmarkdown", "rstudio")

R Markdown是资源代码丰富并高可用的文件，你可以将通过一下两种方式改变R Markdown文件格式。

1. knit - knit 文件. rmarkdown包调用knitr包， knitr 将运行所有的R代码，并将得到的结果追加到代码之后，这种工作方式非常节省实践并且报告也可复用。

   传统的，作者制作包含图形的报告。作者需要制作图形，保存为文件，然后copy并粘贴到最终的报告中，这个工作严重依赖人力，如果数据有变更，那么作者需要重复整个过程来更新图形。

   现在，再R Markdown的模板中，每个报告都包含制作图形，表格，数字所需的代码，作者可通过knit来自动完成更新。

2. convert - convert 文件。rmarkdown包借助pandoc来将文件转变成新的格式，例如，你可以转变Rmd文件成HTML, PDF, 或Microsoft Word文件，你甚至可以转变成 HTML5 或 PDF 幻灯片，rmarkdown保持文本，代码结果与Rmd文件中的结构一致。

   这些转变能力能让你markdown编辑，并方便的改变格式，你可以将R代码放入knit，并以任何一种格式分享个其他人。

在实际应用中，作者经常同时用knit 和 convert文档。在本文，将用render 命令来对R markdwon文件执行 knitting 和 converting过程。

你可以认为的用render作用到R Markdown 文件， 如： rmarkdown::render(). 上面的代码渲染成HTML文件格式之后的结果如下图。

rmarkdown::render()，R markdown与RStudio深度合作

，因为，你可以通过按键来完成以上命令。

开车了！

为了创建 R Markdown报告，打开text文件，并将它保存为.Rmd 文件。File > New File > Text File

R Markdown 报告由一下3部分组成：

1. text文本
2. knitr 处理 R code
3. YAML的渲染参数

本文将逐一介绍：

处理文本

.Rmd 文件包含text，Markdown是一种处理普通格式文本的公约，包括一下特征：

• 加粗和斜体文本
• 列表
• title
• 超链接
• 更多

这个协议虽然很朴素，但是，制作的文本非常易读，对下文文本采用了了本协议，请看

# Say Hello to markdown

Markdown is an **easy to use** format for writing reports. It resembles what you naturally write every time you compose an email. In fact, you may have already used markdown *without realizing it*. These websites all rely on markdown formatting

* [Github](www.github.com)
* [StackOverflow](www.stackoverflow.com)
* [Reddit](www.reddit.com)

编写过程中展示了如何使用 markdown:

1. headers - 使用一个或者多个 # 在文本的开始阶段，例如： # Say Hello to markdown. 单个#意味着文本是一级标题，两个#代表二级标题，以此类推.

2. 斜体和加粗字体 - 对文本两侧加一个星号得到斜体字体，例如上文中：*without realizing it*. 用双星号包围文本得到加粗字体, 例如：**easy to use**.

3. lists - 每个要点之前用星号，正文与要点之间留空行

   
   

     This is a list
   
     * item 1
     * item 2
     * item 3
     
   

   This is a list

   • item 1
   • item 2
   • item 3

4. hyperlinks - 1.用中括号包围网站名称，2.用括号包围具体链接，然后连接在一起使用，例如：[Github](Build software better, together).

   你可以查看更多的Mardown 操作指导：Markdown Quick Reference guide
   1.open a .md or .Rmd file in RStudio.
   2.打开？
   3.选择 “Markdown Quick Reference”
   4.在帮助面板即可查看

   

渲染

为了将markdown文件转化为HTML, PDF, 或 Word document，单机编辑面板的工具“Knit” 控件，出现下拉菜单，选择你要的转化文件类型。

当你选定格式后， rmarkdown 将把你的文本转化成新格式文件。rmarkdown能够采用markdown语法的文件变更格式。

一旦文件被渲染，RStudio将预览目标格式结果，并保存在工作目录中。

下图展示了3种最终格式的预览图：

knitr嵌入R代码

knitr包 能够兼容markdown语法，尤其包含执行R代码的能力。

渲染报告的过程中， knitr 将执行代码并将输出的结果展示。可以选择性的展示：之展示代码，只展示结果，代码与结果同时展示。

想嵌入R代码在报告中，用两行```将代码包围，在第一个``` {r}, 用于通知knitr下面的将是R代码，具体模板如下图：

Here's some code
```{r}
dim(iris)
```

在渲染文档的时候， knitr将运行代码并将结果追加在代码之后，knitr提供格式和语法高亮展示R代码和代码运行结果。

作为上面R代码的markdown结果：

参数echo 和 eval不仅仅用于自定义code， 你可以通过 rmarkdown 和 knitr 进行学习。

行间代码

嵌入R代码到文本当中，在代码的两侧用点’来包围，如下图：

Two plus two equals `r 2 + 2`.

knitr 将用代码结果代替Ｒ代码，如下图所示:

YAML 渲染参数

YAML header将决定如何展现你的 .Rmd file.文件，用两个 --- 包围，如下图：

---
title: "Untitled"
author: "Garrett"
date: "July 10, 2014"
output: html_document
---

Some inline R code, `r 2 + 2`.

output: 决定最后的文件类型。

output: 选择其中一种类型的文件类型

• html_document,
• pdf_document,
• word_document,

RStudio IDE knit更加方便的进行设置。

幻灯片：

可以将文档转换为幻灯片：

• 参数设定output: ioslides_presentation 创建ioslides (HTML5)幻灯片
• 参数设定output: beamer_presentation 创建 a beamer (PDF) 幻灯片

Note: 默认情况下RStudio编辑器中knitr没有默认选项，先在命令中修改输出类型，RStudio会输出类型加入默认选项菜单。

具体参数详见rmakdown.rstudio.com

总结

R Markdown 提供快速，可复用的报告方式，可以在markdwon中编写报告，并用knitr嵌入代码，可以随时更新代码，最终的文档可以转变成任何文件类型，

Introduction to interactive documents, 将教你如何将shiny的互动元素加入到markdown中。