使用Bioconda管理Linux系统中的生物信息软件

使用Bioconda管理Linux系统中的生物信息软件

生物信息操作中必不可少的就是Linux系统中各种生物信息学软件的安装。不同软件有不同的安装方法,对系统环境的依赖不同也不同,对于新手来说,经常是一个软件的安装和配置就要折腾很长一段时间时间,大大增加了学习成本。

我自己有两个方法来尽量减少安装软件所消耗的时间:一是直接安装Bio-linux系统,这个系统已经内置了大部分生物信息分析所需要的软件,非常适合新手直接学习分析技术,绕过软件安装和环境配置的麻烦问题。二是使用Bioconda安装和管理各种软件。Bio-linux系统和常用的服务器系统还是有差别的,如果想在学习生物信息分析的同时掌握一些Linux系统的操作甚至维护的技术,配置一台CentOS系统的计算机就很有必要了。这个时候Bioconda就非常有用了。

本文参考知乎专栏以及基因课相关课程(genek.tv/dirlist/index/)对Bioconda的安装和使用做简单介绍。

Bioconda介绍

Bioconda是conda上一个分发生物信息的频道。而conda是最初为管理python包而建立的。以下是相关介绍:

“Conda is a portable package manager primarily for python and precompiled binaries. Miniconda is the base system of conda. It includes a standard python and a few required dependencies such as readline and sqlite. In conda, a channel contains a set of software typically managed by the same group.Bioconda is a channel of conda focusing on bioinformatics software. ”

Bioconda主页:Using bioconda - Bioconda documentation


anaconda、miniconda和conda的区别:FAQs - Bioconda documentation
简单说来:“conda is a package manager, Miniconda is the conda installer, and Anaconda is a scientific Python distribution that also includes conda.”
Bioconda的优点是安装简单,各个软件依赖的环境一同打包且相互隔离,非常适合在服务器中建立自己的生物信息分析环境。

Bioconda的下载与安装
1.下载和安装miniconda
bioconda的使用首先需要安装miniconda[http://conda.pydata.org/miniconda.html]。选择linux的64位的python2.7版本(共提供win、Mac、linux三种系统,同时支持python3和python2),直接点击下载。或者复制链接后,用wget下载。
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

下载完成后,在终端键入bash命令进行安装:

bash Miniconda-latest-Linux-x86_64.sh

之后按照提示点击回车,输入要安装的位置,或者输入yes

本图片引用自生信技能树-曾健明@曾健明 的博客用Miniconda,Bioconda来安装常见的生物信息学软件 | 生信菜鸟团

输入yes后,还没有完成最后安装,还需要source一下:

source ~/.bashrc

这时miniconda就安装好了,输入“conda”会显示相应的信息:

输入“conda list”来查看已经安装的软件:

2.添加channels

conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda

查看已经添加的channels:

conda config --get channels

3.更新miniconda

conda update conda

4.卸载miniconda
删除miniconda的整个文件夹:

rm -rf ~/miniconda

从环境变量中去掉miniconda:打开~/.bash_profile文件,删掉其中miniconda的路径,关闭并保存

删除隐藏的.condarc 、.conda以及.continuum文件

利用Bioconda安装生物信息软件

要通过conda安装软件,首先从这里(Available packages)查找该软件是否被conda支持。如果支持,只需输入以下命令即可安装:

conda install fastqc(软件名)

安装完成后,可以用“which 软件名”来查看该软件安装的位置:

或者再次查看已安装软件列表“conda list”

conda默认安装软件的最新版本,如果想安装指定版本的某个软件,可以先用“conda search 软件名”搜索软件版本

星号标记的表示是已经安装的版本。要安装其他版本,输入:

conda install 软件名=版本号

这时conda会先卸载已安装版本,然后重新安装指定版本。

利用conda更新和卸载软件

查看已安装软件:

conda list

更新指定软件:

conda update 软件名

卸载指定软件:

conda remove 软件名
编辑于 2017-02-07

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