目前全部发表的中国古代Y染色体
目前全部发表的中国古代Y染色体
本帖最后由 隔壁老王
于 2017-3-27 01:11 编辑
最近时间比较充裕，整理了一下（20170326更新）
2-20楼分19个不同年代（或区域）进行整理，19个分别为
01
仰韶文化（距今约7000-5000）
02 龙山文化（距今约4600-4000）
03 长城沿线
04 长江流域
05 长城以北
06 夏（距今约4000-3600）
07 商（距今约3600-3000）
08 西周（距今3000-2800）
09
春秋（距今2800-2400）
10 战国（距今2400-2200）
11 两汉（距今2200-1800）
12 匈奴
13 鲜卑
14 羌氐
15 隋唐（距今1400-1100）
16 两宋（距今1000-700）
17 辽金
18 元代
19
明清（距今700-100）
发表于 2017-1-6 19:12 | 只看该作者
本帖最后由 隔壁老王
于 2017-3-27 01:27 编辑
【仰韶文化】（20170326更新）
年代：距今约7000-5000年
地点：黄河流域
生活：定居的农业部族
体质：蒙古人种东亚类型（带有南亚的轻微影响）
影响：中国最重要的一个古代文化，很可能是华夏民族的主要源头
仰韶文化的Y染色体数据
目前无直接证据，只有庙子沟的数据。
结合大汶口文化的Y类型，如果吉林大学数据足够准确，早期黄河流域旱作农业的人群中，N类型的比例可能非常高。
【龙山文化】
年代：距今约4600-4000年
地点：黄河流域中下游
生活：定居的农业部族
体质：蒙古人种东亚类型
影响：中国非常重要的一个古代文化，其中河南龙山文化直接继承了仰韶文化，很可能是华夏民族的主要源头
龙山文化的Y染色体数据
仅有陶寺遗址文化数据一个，数据来源《Y
chromosomes of prehistoric people along the Yangtze River》
数据情况为（4个个体）
O2-M122 3个（占比75%）
O2a2b1-M134 1个（占比25%）
这组数据比较早，没有区分下游，其中O2-M122（旧名称为O3*），O2a2b1-M134（旧名称为O3e）。
发表于 2017-1-6 19:13 | 只看该作者
【新石器时期长城沿线文化】（20170326更新）
这组地区指的是长城沿线的众多文化
已有数据有
红山文化、小河沿文化、海生不浪文化、雪山文化、小河墓地等等
从目前可以看到数据看，长城沿线在新石器时期和青铜时期，当地的Y主要类型可能是N类型，红山文化、小河沿文化、庙子沟文化、雪山文化的主题均为N，进入青铜时代后，夏家店下层文化、夏家店上层文化也有较大成分的N，但已经较新石器时代降低。
仅制作了红山文化的，数据来自最著名的牛河梁。
其他文化后续再更新。
发表于 2017-1-6 19:14 | 只看该作者
【新石器时期长江流域文化】（20170326更新）
几组数据，包括两个良渚文化，一个大溪文化、一个吴城文化，全部来自《Y
chromosomes of prehistoric people along the Yangtze River》，全部属于O类型，分别属于O类型的不同细分支系。
特别说明一下，改组数据可能存在疑问，因为华南地区古代遗骨较难保存和提取。
【长城以北文化】（20170326更新）
这组数据主要是非长城沿线的北方草原数据，目前看，主要是阿尔泰山地区的文化，体现为R1a和Q*、Q1*等古老人群。
可以想见，最早将青铜器从中亚带入东亚的人群，很可能也是这种人群，这些人群很可能构成了蒙古草原北部和西部最早期的游牧民，从一些证据看（额金河），直到鲜卑时期，东方的C类型人群才驱逐了这一人群。
【夏代】
目前缺少夏代的黄河流域数据。
但北部长城地区有些数据。
【商代】
目前无商代的古Y数据，但需要提醒的时，西周山西横北倗国墓地，和可能是和商代有一定继承关系的，尤其应当注意其Q1a1a-M120的情况。
商代时期，北部夏家店文化非常重要，是古代华北农业居民北上后形成的文化，而且与商代（尤其河北先商文化）有一定的互相影响力，夏家店下层文化数据比较多，有大甸子和三关遗址两处，夏家店下层文化主要是O2-M122（旧称O3）和N*两种类型，其中南边O多北部N多。
大甸子（5个）
N*x（N1c） 3个（60%）
O2（旧称O3）2个（40%）
数据来源《Genetic
characteristics and migration history of a bronze culture population in the West Liao-River valley revealed by ancient DNA》
三关遗址（4个）
O2（旧称O3）4个（100%）
数据来源《Genetic diversity
of two Neolithic populations provides evidence of farming expansions in North China》
【西周时期】（20170326更新）
最重要的就是山西横北倗国墓地，这一墓地最重要的特点是区分了贵族、平民、和奴隶
后续会着重介绍。
值得注意的是，其中有两个M120为倗伯，关于倗国的属性，有商族和鬼方等不同说法。
其中有意思的是区分了登记，其中Q1a1a-M120全部是贵族和平民，无一个奴隶。N只有一个是贵族，平民里3个O2a2全部俯身葬，3个O*全部仰身葬，怀疑是不同的来源。奴隶全部是O，包括O的四种类型。
横北的母系，与现代汉族无异。
【春秋时期】（20170326更新）
目前有的数据是一组夏家店上层文化的数据，但不是该文化的，而是灰坑的（战俘坑），因此可能不是夏家店上层文化的，而是其周边的战俘的。
备注：大山前的夏家店上层文化还有一个问题，其中的N1a1a（旧称N1c），从STR看，现代人无匹配个体，高度怀疑是M176（旧称O2b，日韩常见），非常可能灰坑里的这些个体是来自辽西或更东部的日韩祖先类型，吉林大学部分数据质量不高，这里存疑备注。
这里面有两个个体的O2a2b1a1-M117，被论坛上的某人津津乐道，并被说成是M117之源头是夏家店上层文化（其实来自灰坑，恰恰是夏家店上层文化的战俘而不是同族）。
但最新的数据显示，在尼泊尔的Chokhopani，发现了3150年前的O2a2b1a1-M117，比夏家店上层更早，M117作为汉藏语系的核心成分应该说基本得到了确认，数据来源为Long-term
genetic stability and a high-altitude East Asian origin for the peoples of the high valleys of the Himalayan arc。
【战国时期】
战国时期最重要的有两处墓地
一处是赵国的大堡山墓地，这里第一次发现了最早的C2南支（旧称C3南支），基本可以确认C2南支在战国时期就已经在中原居民中存在，而同一时期的北方地区的C都是C2b（旧称C3北支）。
5个个体情况为
O* 2个（40%）
O2 1个（20%）（旧称O3）
C2 1个（20%）（旧称C3南支）
N1a1a
1个（20%）（旧称N1c）
数据来源：刘铭，《内蒙古和林格尔大堡山墓地古代居民的DNA研究》（2016年6月）
另外就是北方的井沟子墓地，是古代东胡族墓地，12个个体，全部为C2b（旧称C3北支），根据其STR的匹配情况看，东胡族在今天汉族人中（10个数据14373中基本都在6个步差以上）很少有后裔，但和科尔沁、鄂尔多斯、阜新蒙古族中有一定的相近个体，其DYS445-458为17-17的组合，在现代汉族人14373个个体中只有5个这种组合，如果不考虑2000年间变异，那么东胡的后代也太少了些，但蒙古族中有一定数量16-17-18等接近的。
C2b 12个（100%）
数据来源《Genetic
characteristics and migration history of a bronze culture population in the West Liao-River valley revealed by ancient DNA》
C-M217 Z3952 / FGC16191 * F1245 * Z1433 / CTS284 +184 SNP形成47900 ybp，TMRCA 34400 ybp 信息
- C-M217 *
- C-F1067 F1067 * F2645 * Z4063 / Y12939 +10 SNP形成34400 ybp，TMRCA 34400 ybp 信息
- C-F1067 *
- C-CTS4660 CTS8323 * Y26960 * CTS10047 +195 SNP
- id：ERR1395618 CHN
- id：HG00628 CHS
- C-F2613 Z1318 / F1506 * F1223 * CTS8732 +309 SNP形成34400 ybp，TMRCA 11400 ybp 信息
- C-F2613 *
- C-F845 F5480 / Z12273 * CTS10923 * Z12263 +40 SNP形成11400 ybp，TMRCA 7000 ybp 信息
- C-F845 *
- id：NA19079 JPT
- id：HG02141 KHV
- C-FGC39579 FGC39579 * FGC39592 * FGC39594 +10个SNPs形成7000 ybp，TMRCA 5000 ybp 信息
- id：YF07635 CHN [CN-41]
- id：YF04095 CHN [CN-51]
- C-K511 K536 * K538 * K540 +31 SNP
- id：HG02381 CDX
- id：HG02373 CDX
- C-F845 *
- C-Z1300 Z1301 / CTS4021 * Z1300 * Z12257 +7 SNP形成11400 ybp，TMRCA 10600 ybp 信息
- C-Z1300 *
- C-CTS2657 Z16232 / Y12945 * CTS2657 * Z16231 / Y12943 +9 SNP形成10600 ybp，TMRCA 9800 ybp 信息
- C-CTS2657 *
- 编号：YF08165 CHN [CN-32]
- C-Y13860 F3836 * F3884 * F4035 +17 SNP形成9800 ybp，TMRCA 7300 ybp 信息
- C-Y13860 *
- C-CTS4449 CTS4865 * CTS4449 * Y28048 +5 SNP
- id：ERR1025626 PAK
- id：NA18749 CHB
- C-M407 F3853 * Z31653 / Y12953 * F9260 / Y12960 +25 SNP形成7300 ybp，TMRCA 3300 ybp 信息
- id：YF03138
- id：NA19091 JPT
- C-CTS2657 *
- C-Z8440 Z8440 / K701 * F3880 * Z12209 / K700 +1 SNP形成10600 ybp，TMRCA 10600 ybp 信息
【两汉时期】
仅有一处青海陶家寨的数据
12个个体都是O2（旧称为O3）
关于陶家寨的成分，一直有不同看法，有人认为是羌氐（羌氐在考古上无法区分），有人认为是汉族人。
无论哪种，基本可以确定，在汉代，青海等地，无论汉族或者羌氐等汉藏语居民，O2（旧称O3）是绝对的主体成分。
O2（旧称O3） 12个（100%）
数据来源：Ancient
DNA evidence supports the contribution of Di-Qiang people to the han Chinese gene pool
【匈奴】
已知的匈奴墓地有三处数据
分别位于新疆巴里坤黑沟梁、外蒙古中部额金河谷、外蒙古东部都日格（内外蒙古边境）
发现的匈奴个体共计17个
Q1a* 6个（35.29%）
Q1a2* 4个（23.53%）
Q* 3个（17.68%）
C2b 2个（11.76%）（旧称C3北支）
R1a1a 1个（5.88%）
N1a1a 1个（5.88%）（旧称N1c）
数据来源：
Nuclear
and Mitochondrial DNA Analysis of a 2,000-Year-Old Necropolis in the Egyin Gol Valley of Mongolia
A Western Eurasian Male Is Found in 2000-Year-Old Elite Xiongnu Cemetery in Northeast Mongolia
Y-Chromosome
Genetic Diversity of the Ancient Northern Chinese Populations
【鲜卑】
鲜卑现有数据其实只有两个，一共18个个体，全部是C2b（旧称C3北支），占比100%
一个是前面已经说过的井沟子12个个体（实际是东胡，是鲜卑的先民）
C2b 12个（100%）（旧称C3北支）
数据来源：Y
Chromosome analysis of prehistoric human populations in the West Liao River Valley, Northeast China
另一个是额金河C组6个个体
C2b 6个（100%）（旧称C3北支）
数据来源：Nuclear
and Mitochondrial DNA Analysis of a 2,000-Year-Old Necropolis in the Egyin Gol Valley of Mongolia
两组鲜卑的数据，从STR上看，井沟子的STR中，DYS456-458非常稀少，为17-17，这个在14373个汉族个体中只有5个是这种17-17的组合，额金河C组比井沟子更常见些，两者在现代蒙古人中匹配的比例要远远高于汉族，显示了蒙古人一部分是继承了东胡的成分，但汉族中非常少。两者相比较，井沟子可能是东胡的早期或者是乌桓等部族，如果不考虑2000年来的DYS456-458的变化，那么融入汉族，占汉族血统的比例只有3000分之一？
（对比过程中，JGZ1、JGZ3、JGZ6、JGZ9、JGZ11、JGZ12无STR数据，JGZ2、JGZ4、JGZ5、JGZ7的STR已知部分相同，JGZ8和JGZ10的已知部分相同，实际可以采用JGZ2和JGZ8、JGZ10的数据，EG数据有效STR太少，各样本已知部分相同，采用EG46数据。）
【羌氐】（20170326更新）
已有数据三处
1、哈密天山北麓
2、青海陶家寨
3、青藏高原山南（尼泊尔）
其中天然北麓为N*和C*（应为N南支和C3南支）
陶家寨可能是汉人墓，12个都是O2（旧称O3）
山南藏系墓地，3个M117，一个D
从实测的情况看，基本符合预期，各地羌人氐人成分并不一致，但其类型都处于大的汉藏语系人群基因库中。
【隋唐】（20170326更新）
已经出了呼伦贝尔的室韦人数据。
为C2北支F3918。
由于室韦人被普遍认为是蒙古贵族的来源，因此该份数据非常重要。
后续整理数据。
【两宋】
截止2017年1月，无数据
【辽金】
截止2017年1月，无数据
现在辽代墓葬复旦某博士已经着手研究，其皇族有一定的数据了，为了严谨，目前还在复检和比对中，待其发表后再更新本帖。
【元代】
截止2017年1月，有两组数据
1、梳妆楼数据，3个贵族个体，3个都是Q*。
数据源《Identification
of kinship and occupant status in Mongolian noble burials of theYuan Dynasty through a multidisciplinary approach》
2、位蒙古中部的元代王族墓，3个贵族，2个R1b，一个R1a，其中R1a还有STR数据，可以与现有蒙古人都基本无关，应该不是成吉思汗所在的黄金家族。
数据源《Molecular
Genealogy of a Mongol Queen’s Family and Her Possible Kinship with Genghis Khan》
其中可以看出的是，元代蒙古贵族中，尼伦蒙古之外，很大一部分其实不是常见的C，而是偏西方的R和Q。
目前还没有元代蒙古平民的任何数据，此前说蒙古平民主要为O的说法是杜撰的。
【明清】
无群体数据，有个别名人的数据
比如严嵩家族（O2，旧称O3）、胡雪岩家族（N）、爱新觉罗家族（C2b1a3a-M401，旧称属C3北支）
南岛系包括波利尼西亚人的O3基本都是P164下游F871*，不过南岛系的F871*和大陆同支系分开12700年了，如果是大汶口龙山文化向台湾传播不可能同是F871大陆支系和南岛系分开12700年吧。
目前南岛系中只有O1a1中的P203下游F140支系是大陆支系和南岛支系是4600-7000年左右同祖的，刚好能对的上大汶口龙山文化向台湾传播的时间。下面有YFull有F871大陆支和南岛支分开时间，也有F140南岛系和大陆支的分开时间。
拉倒把还百越族群相关，目前汉族常见的O1支系F81共祖时间有3700-4600年左右，多样性早高的地区估计是山东至江淮一带。你所谓的波利尼亚人的P164下游F871*和大陆同支分开12700年了，更不要说和大陆常见的F444和M117分开18300年了比大汶口龙山文化早了一万多年。
目前几千人的数据表明中原O1a比例在7%-11%之间，环渤海O1a比例应该有6%-7.5%之间，远比你的所吹的P164下游F871*不知道多多少倍。
O3分为原始祖型和突变型。原始型人群必有突变型，Y-snp多样性高，但突变型人群不一定有原始型，虽然突变型人群自从原始型分化，但原始型不一定跟随突变型人群向外迁徙。例如山东O3*-M122频率略高于全国水平，属于O3最早的原始型化石，一直没有突变。同理，O3a2c*-P164是汉藏语系O3a2c1-M134/M117/F444的上游祖型，一直没有突变，但至今仍然存在于东部沿海汉族。原始祖型的存在，最可能是突变型的源头
...
拓扑维度 发表于 2017-2-24 17:11
看来你是对分子人类学的基本概念都还是不清楚的，现代人中没有什么所谓的原始祖型，比如你提到的O3a2c*-P164，只是在当年很少的样本中先发现了他下游的M134支系，而暂时将广泛测试中的P164+，M134-的样本称之为O3a2c*-P164。当然随着全测序样本的增多，发现之前所说的O3a2c*-P164都有一个祖先是F871，这个F871是M134的兄弟。换句话说，现代人中一个检测到F871，一个检测到M134，他们两个从P164以下都经历了近1万三千年的历史然后到的现代，都会在此过程中产生相应的SNP来标记其间的历史，不存在谁是谁的祖型。也不存在只有M134下的分支在此后产生了无数的SNP，而O3a2c*-P164这支的人就在产生完P164后就进入封禁状态，不再产生新的SNP。