ImageJ实用技巧——宏记录器(解放双手篇)
宏(Macro),就是一些命令组织在一起,作为一个单独命令完成一个特定任务。
通俗地讲,就是将那些繁琐而且重复的工作告诉电脑,让它来帮你完成,从而大大提高了效率,节省大量的时间。
平时我们最常用的Office系列,其实都有宏,只是大多数人很少用到,所以默认情况下处于隐藏状态。
大多数人不会用到宏,原因是处理的信息数量、步骤较少,学习宏的时间成本较大。而在真正处理生物的图像时,信息往往是海量的,步骤也常常相当地繁琐,学会怎么利用宏来减少工作量就尤为重要了。
作为解放双手篇的第二篇,我就来介绍一下ImageJ中利用宏,来减少重复的操作,从而提高图像处理的效率。这里只介绍宏记录器,因为这是最简单、最快速创建宏的方法,不需要有任何的编程基础,很快就能学会。
我以平均荧光强度检测为例。上一篇文章中我已经介绍了怎么利用ImageJ测量一张荧光照片的平均荧光强度,大概需要6步才能得到一张照片的数据。
下面我就利用宏来记录和重复这些相同的步骤:
1、打开宏记录器(Plugins-Macros-Record)
这之后,你对图像的每一步操作都会记录在记录器的窗口中,例如进行以下操作:打开图像、转换为8-bit、反转图像:
我们继续完成所有的步骤:校准、调整阈值、设定测量参数、检测,最后关闭图像。
这时候检测宏记录器中的所有指令是否完整、正确。可以随时删除、移动某行指令。
2、记录完成后,生成宏文件(宏记录器(Recorder)中的Create)
点击Create后,会弹出新的宏编辑器窗口
这时候点击Run,就可以运行记录的所有指令了。
3、保存宏文件(宏编辑器中File-Save)
宏文件的IJM格式的文件,重命名之后保存,有需要的时候可以调用或者修改。
4、调用宏文件(Plugins-Macros-Run)
将刚才保存的宏文件打开,即可立即得到测量结果。
5、关于宏的一些注意事项
(1)有些初始化的步骤:例如Set Measurements、Calibrate(勾选Global Calibration)等,可以在录制宏之前统一设定好,或者把相应的命令行从宏中删除。
(2)不仅可以(Plugins-Macros-Run)调用宏,点击宏编辑器中的Run可以直接进行。
(3)使用close();这个命令行时,一定注意。它会关闭图像的窗口,而不是关闭某一个界面的窗口。
(4)宏记录器是最简单的创建宏的方法,指令也很简洁易懂。但是不够灵活,如果想要更好的编写利用宏,需要了解更多关于宏的命令和说明,这些可以在官网上找到:
https://imagej.nih.gov/ij/developer/macro/macros.html
宏指令开发指南:
https://imagej.nih.gov/ij/docs/macro_reference_guide.pdf
最重要的是多尝试、多摸索。遇到那些重复枯燥工作的时候,尝试着利用宏来减轻工作量,解放双手投身于更有意义的事情当中。
如果对于ImageJ使用有什么问题可以私信我,或者给我发邮件:zhaoyc9@163.com
更多教程可以关注我的专栏:
希望对大家有帮助~