ImageJ实用技巧——图像标注(基本功能篇)
在使用ImageJ的过程中常常会遇到这样一个问题：怎样对图片进行标注？
常见的标注有：比例尺、Calibration Bar、基本框选（矩形、箭头、文字等）、时间戳等等
ImageJ中图像标注的方式比较特殊，往往会出现标注图片后，用图片浏览器打开看不见标注，而在ImageJ中打开看得到标注的情况。
这是因为我们添加的标注还是Overlay的形式，而并没有“印”或嵌入在图像上。
Overlay形式的标注一般的图片浏览器是无法显示的，只能在ImageJ中显示。
之前关于比例尺添加的文章中：
明确提到了不要勾选Overlay：
这篇文章会讲清楚图像（Stack）标注的原理和方法。
一、Overlay解析
Overlay，即叠加，图像标注的本质是在原本的图像上，叠加上标注信息。
为什么ImageJ中的标注要以Overlay的形式存在？
图像标注可以分为破坏性和非破坏性的：
1、Pencil Tool、Paintbrush Tool等往往是破坏性的，是覆盖而不是叠加，即会把原本图片的信息直接覆盖掉。这类标注是不可移除的！
当然，你可以通过File -> Revert来恢复图像，快捷键Ctrl+R。
2、Overlay仅仅是叠加，图片原本的信息是可以得到保留的，属于非破坏性的（Non-destructive），这类标注是可移除的！
二、Overlay的使用方法
Overlay允许对图像的标注信息，进行灵活的操作（Image -> Overlay）：
官网说明：
常见功能：
1、Add Selection，将框选出的区域（Selection）变成Overlay：
2、隐藏Overlay、将Overlay添加到ROI Manager当中：
将框选出的区域（Selection）变成Overlay后，是不能直接编辑的。只有将Overlay添加到ROI Manager之后，才可以对Overlay进行各种操作。
3、Flatten，将Overlay覆盖（嵌入）到图片上：
注意：Overlay本质是矢量图，放大之后也清晰。但Flatten后，Overlay会根据图像本身的分辨率而变得模糊。
且Flatten之后，图像标注不可消除！
三、图像标注参数设置
图像标注的参数包括：线条颜色、粗细；文字的字体、字号；箭头类型等等。
设置位置，在工具栏的各个工具处点击右键，或者Edit -> Options
通过Color picker（或Edit -> Options -> Colors）选择前景色和背景色，Color picker也可以作为取色器：
四、Stack标注
ImageJ自带Stack时间戳的标注功能（Image -> Stack -> Label）:
可以调节标注的各种参数和形式，最常用的就是对延时摄影的图片进行时间标注：
如果要对Stack的一部分进行标注，则需要借助一个Macro来做。
Macro下载地址：
或者Github，https://github.com/inanezhao/ImageJ-Tutorial/blob/master/Annotation_to_overlayV1.4.ijm
Macro By Kees Straatman, University of Leicester
例如对MRI的数据，在两个眼球出现的时候利用箭头标注：
打开Annotation_to_overlayV1.4.ijm文件：
点击Run，运行Macro：
目前支持6种类型的图像标注，这里选择Arrow，点击OK。
选择眼球刚出现的帧，画箭头，点击OK
再选择眼球刚消失的帧，点击OK，即把开始帧和结束帧直接全部加上箭头，最后的效果如下：
如果对于ImageJ使用有什么问题可以私信我，或者给我发邮件：zhaoyc9@163.com
更多教程可以关注我的专栏：
希望对大家有帮助~
