ImageJ实用技巧——细胞划痕实验分析(插件篇)

ImageJ实用技巧——细胞划痕实验分析(插件篇)

细胞划痕实验是一种简便的测定细胞迁移运动与修复能力的方法,类似体外伤口愈合以及肿瘤迁移模型。

通过在体外培养的单层贴壁细胞上,用枪头或其它硬物在细胞生长的中央区域划线,去除中央部分的细胞,然后再继续培养一定时间,观察划痕两侧的细胞是否生长(修复)至中央划痕区,以此判断细胞的生长迁移能力[1]。

细胞迁移动画

通过对比不同时间和条件下,划痕的面积变化,可以表征细胞的迁移与修复能力。这篇介绍一个可以自动检测划痕面积的插件——Wound Healing Coherency Tool:

Wound Healing Coherency Tooldev.mri.cnrs.fr图标

这个插件的本质是Macro,如下图,所以安装的步骤会相对复杂:



一、插件安装

(1)安装FeatureJ和MorphoLibJ

这个插件需要提前安装FeatureJ和MorphoLibJ,可以通过Update Sites进行安装:

打开更新页面(Help->Update...)

等一会儿就会出现下面这个页面,点击Manage update sites。

勾选 IJPB-plugins和ImageScience,然后点击Close。

然后Apply changes。

安装完成后重启ImageJ,即安装完成。


(2)安装插件

首先下载.ijm文件:dev.mri.cnrs.fr/attachm

如果打不开,可以在GitHub上下载到:

ImageJ-Tutorialgithub.com图标

将该文件放到Fiji安装目录下的macros/toolsets文件夹,然后重启ImageJ。

然后点击ImageJ工具栏的>>按钮,可得插件位置;

单击后可以看到工具栏右侧出现m,即插件的图标,插件安装完成。

第一个按钮打开帮助界面,左键单击第二个按钮“m”开始测量,右键单击“m”设置参数。


二、划痕分析

(1)打开划痕图片(首先转成8-bit、16-bit灰度图像)

这里以官网给你数据集为例:


(2)右键点击“m”按钮设置参数

这里选择默认参数。如果效果不好,可以根据下面的参数说明进行调参:


(3)左键点击“m”按钮开始自动检测

经过一系列操作,最终会较为准确地识别出划痕,并测得划痕的面积,并且将划痕的ROI添加到ROI Manager中。由此可以自动分析出划痕面积的变化情况。


参考文献:

[1].Jonkman J E N , Cathcart J A , Xu F , et al. An introduction to the wound healing assay using live-cell microscopy[J]. Cell Adhesion & Migration, 2014, 8(5):440-451.


如果对于ImageJ使用有什么问题可以私信我,或者给我发邮件:zhaoyc9@163.com

更多教程可以关注我的专栏:

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希望对大家有帮助~

编辑于 04-19

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