【VoxelMorph论文共读】002 代码环境准备

【VoxelMorph论文共读】002 代码环境准备

VoxelMorph 相关代码

voxelmorph[1]

Unsupervised Learning with CNNs for Image Registration

This repository incorporates several variants,
first presented at CVPR2018 (initial unsupervised learning)
then MICCAI2018 (probabilistic & diffeomorphic formulation)
keywords: machine learning, convolutional neural networks, alignment, mapping, registration


代码准备

从voxelmorph[1]位置把项目文件完整下载下来。




下载完后,为避免程序运行错误,

请将voxelmorph-master文件夹的代码解压到纯英文且没有空格的文件路径下。

本人将其解压到D盘根目录(仅供参考)


环境准备


安装软件环境

本人使用 WIN10 / Anaconda 64位 / PyCharm64位 软件环境[2][3][4]


配置 python 虚拟环境

安装完软件环境后,配置 python 虚拟环境,并安装依赖包


右键点击 Anaconda Prompt ,以管理员身份运行


创建一个新的名为“voxelmorph”的环境用于运行程序

conda create --name voxelmorph python=3.6

激活该环境

conda activate voxelmorph


进入该环境后,会显示

说明已经进入该虚拟环境。




安装Keras包[5][6][7]

pip install keras==2.2.4

安装Tensorflow[8]

注:有GPU条件的同学请先安装显卡驱动和CUDA,然后安装对应的GPU版本的Tensorflow

pip install tensorflow==1.15.0rc3

安装Nibabel[9]

pip install nibabel

安装tqdm[10]

conda install -c conda-forge tqdm

安装Pillow[11]

pip install Pillow

安装matplotlib[12]

python -m pip install -U pip
python -m pip install -U matplotlib



汇总环境安装代码如下:

pip install keras==2.2.4
pip install tensorflow==1.15.0rc3
pip install nibabel
conda install -c conda-forge tqdm




pip install Pillow
python -m pip install -U pip
python -m pip install -U matplotlib


配置软件环境

参考 Anaconda和Pycharm的安装和配置

将 anaconda 内的 voxelmorph 虚拟环境添加到 Pycharm内。

成功后Pycharm界面右下角如图所示(路径有可能不一样,但类似)

添加图片注释,不超过 140 字(可选)


至此环境安装完毕,经实际验证,可运行程序。


以后可在Pycharm 终端 Terminal 内运行程序。



代码试运行

Registration[1]
If you simply want to register two images:
1. Choose the appropriate model, or train your own.
2. Use register.py. For example, Let's say we have a model trained to register subject (moving) to atlas (fixed). One could run:

如果想利用源代码,直接进行配准。那么可以在终端内使用如下代码,将 移动图片 配准到 atlas 上。

python register.py --gpu 0 /path/to/test_vol.nii.gz /path/to/atlas_norm.nii.gz --out_img /path/to/out.nii.gz --model_file ../models/cvpr2018_vm2_cc.h5 

根据本人解压的路径(D盘根目录)改写为

python D:\voxelmorph-master\src\register.py --gpu 0 D:\voxelmorph-master\data\test_vol.nii.gz D:\voxelmorph-master\data\atlas_norm.nii.gz --out_img D:\voxelmorph-master\data\out.nii.gz --model_file ../models/cvpr2018_vm2_cc.h5 





答疑:

如果提示 " Allocation of XXXXXXXX exceeds 10% of system memory."怎么办?

尚未解决…… : (



图像配准指北zhuanlan.zhihu.com图标

【VoxelMorph论文共读】活动回顾:

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001 共读小组阅读前信息统计

参考

  1. ^abcvoxelmorph https://github.com/voxelmorph/voxelmorph
  2. ^Python入门:Anaconda和Pycharm的安装和配置 https://www.cnblogs.com/yuxuefeng/articles/9235431.html
  3. ^Conda包管理以及keras安装 https://blog.csdn.net/weixin_40920290/article/details/81055533
  4. ^Pycharm教育版免费使用 https://www.jetbrains.com/student/
  5. ^keras installation https://keras.io/#installation
  6. ^cannot-import-name-tf-utils-when-using-importing-keras https://stackoverflow.com/questions/57985406/cannot-import-name-tf-utils-when-using-importing-keras
  7. ^AttributeError: module 'keras_applications' has no attribute 'set_keras_submodules'  https://github.com/tensorflow/tensorflow/issues/25062
  8. ^tensorflow docs https://github.com/tensorflow/docs
  9. ^nibabel https://nipy.org/nibabel/
  10. ^tqdm https://github.com/tqdm/tqdm#latest-conda-release
  11. ^Pillow https://pillow.readthedocs.io/en/latest/installation.html
  12. ^matplotlib https://matplotlib.org/users/installing.html
编辑于 2019-10-14

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    图像配准问题,历久而弥新 欢迎一起讨论交流,学习进步~ https://github.com/youngfish42/awesome-image-registration