DeePMD-kit: conda安装 & 离线安装

2019年10月24日(UTC-4)微信公众号

近日,我已经通过conda-build[1]构建了deepmd-kit(含lammps模块)的conda packges[2],并用constructor[3]打包了离线安装包。下介绍安装方法及注意事项:

一、conda安装

安装conda后,使用以下命令安装GPU版:

conda install deepmd-kit=*=*gpu lammps-dp=*=*gpu -c deepmodeling

将gpu改为cpu即可安装CPU版:

conda install deepmd-kit=*=*cpu lammps-dp=*=*cpu -c deepmodeling

如需指定版本,需将两个等号中间的*号改为版本号(目前有1.0.1和0.12.8):

conda install deepmd-kit=1.0.1=*cpu lammps-dp=1.0.1=*cpu -c deepmodeling


二、离线安装

github.com/njzjz/deepmd 下载v1.0.1离线安装包(也提供了百度网盘链接):



下载后执行以下命令,按提示操作即可。

sh deepmd-kit-1.0.1-*pu-Linux-x86_64.sh


三、使用与注意事项

dp和lmp分别为deepmd-kit主程序与lammps:

dp -h
lmp -h

GPU版本已经包含CUDA 10.0,需要注意的是CUDA 10.0仅支持NVIDIA驱动410.48以上,详情可参见NVIDIA官网 docs.nvidia.com/deploy/

运行dp命令时,应设置环境变量KMP_BLOCKTIME=0KMP_AFFINITY=granularity=fine,verbose,compact,1,0,否则会导致高达50%的性能损失。这是由于anaconda numpy一个存在多年的bug[4]

参考

  1. ^conda-build https://github.com/conda/conda-build
  2. ^deepmd-kit-recipes https://github.com/njzjz/deepmd-kit-recipes
  3. ^constructor https://github.com/conda/constructor
  4. ^numpy/numpy#12374 https://github.com/numpy/numpy/issues/12374
发布于 2019-10-25